Elektronik Defter Genel Tebliğ’ de elektronik ortamda oluşturulan E-Defterlerin her firmanın kendi bilgi işlem sistemlerinde saklanması zorunludur. Alternatif olarak E-Defter Saklama hizmeti sağlayan entegratör firmalarda da saklanabilir.

Kendi imkanları ile E-Defter saklayan mükelleflerin; yetersiz güvenlik duvarları, virüsler, fiziksel şartlar ve siber saldırılar nedeni ile E-Defterlerin de herhangi bir harf değişikliği dahi olsa E-Defter beratları bozulur. Bundan dolayı GİB’in 30-12-2015 tarihli bildirisine göre E-Defterlerin lisanslı saklamacı kuruluşlarda saklanması önerilmektedir.

E-Defter teftişlerinde orijinal gönderilen ve GİB’ den onaylayan beratlar üzerindeki imza değeri, teftiş esnasında alınan beratların imza değerinden farklı olursa E-Defterlerin geçmişe yönelik incelenme sebebidir.